按結構型式分類，可分為臥式、立式和吊頂式；按用途特征分類，可分為通用機組、新風機組、凈化機組和專用機組（如屋頂機組、地鐵用機組和計算機房專用機組等等）；還可以按規格分類，機組的基本規格可用額定風量表示。

凈化機組功能段的設置要根據生產工藝或潔凈室要求確定，這是基本原則。凈化機組功能段的合并及取舍要與空調房的設計緊密結合起來。

必須對凈化機組中的微生物污染點進行控制,由于結構、溫濕度較適宜細菌等微生物的滋長，凈化機組的箱體、過濾器、消聲器、加濕器等成了潛在的微生物污染點，必須對其進行控制。如機組箱體應無破損、無銹蝕、耐消毒、保溫及密封性能好，可使用如在冰箱上已廣泛應用的抗菌材料；過濾器性能指標符合要求,消聲器、加濕器等不滯留可凝物,機組內經常清洗或消毒。